20 đội bóng tham dự được chia thành hai khu vực riêng biệt, thi đấu vòng tròn hai lượt. Đội dẫn đầu của mỗi khu vực sẽ thi đấu trận chung kết để tranh ngôi vô địch. Bốn đội đứng đầu mỗi khu vực sẽ cùng với bốn đội xếp cuối giải Hạng Nhất 1999–2000 tạo thành giải bóng đá Hạng Nhất mới với 12 đội, còn lại tiếp tục thi đấu ở Hạng Nhì. Tuy nhiên, sau khi đội Vĩnh Long ở giải Hạng Nhất đã bị kỷ luật xuống Hạng Nhì, một trận đấu play-off giữa hai đội đứng thứ năm đã được bổ sung để xác định đội giành quyền thi đấu ở giải Hạng Nhất mùa sau.